1月
1日：臺灣新兵役制度正式實施，包括兵役役期縮短為1年4個月；年滿19歲役男可提早1年入營服役等。
即日起，全臺10個空軍警衛營依據臺軍“精進案”第二階段規劃，陸續移編憲兵部隊，改編為10個憲兵營。
3日：“三項重大軍購案”在“立法院程序委員會”第44度遭到擱置。
“立法院”三讀通過“陸�？哲姺茥l例”，原“陸軍服制條例”、“海軍服制條例”、“空軍服制條例”同時廢止。
有臺軍人士向媒體爆料，由于臺軍新兵役制度實施，提前退伍的士兵高達2萬人，而志愿役士兵多數還在訓練期，臺軍部分部隊已出現勤務難調配情況，致使軍官得去站崗放哨。
4日：“國防部副部長”蔡明憲由主持中正預校校長任職交接典禮，原任校長洪廷舉少將，調任“國防部參謀本部”人事次長室助理次長，新任校長由“國防部”人力司軍事教育處處長夏玉人少將接任。
政戰學�！皣勒Z文中心”舉行移編編成典禮，改隸“國防部參謀本部”，此舉表明臺軍對外語人才培育的重視。
5日：臺灣軍方權威管道透露，臺軍之所以決定在南海太平島建機場跑道，主要是基于戰略考慮，以因應將來國際間有關南海談判。為此，“國防部”還在南海海域規劃兩個潛艦“伏擊區”，以備用兵不時之需。
6日：政治作戰學校舉行建校54周校慶，一名該校校友突然沖下觀禮臺，企圖去搶臺軍“政戰局長”胡鎮埔的帽子，但被在場安全人員阻止并架走。該名自稱吳覺民的男子被帶走時，還不斷高聲呼喊：“可恥政黨！全民刺扁！”
11日：臺軍澎防部用于兵棋推演的手提電腦失竊。
12日：“立法院”審查2006年度“中央政府總預算”，臺軍“三項重大軍購案預算”配合款112.3億元新臺幣全數遭到刪除。
“國防部政治作戰局”文宣政教處副處長聞振國上校在“立法院”表示，現行臺軍各官校校歌有許多地方不合時宜，“國防部”已經要求各官校與軍種，針對不合時宜的軍歌做一些修訂。
13日：陳水扁在接見亞太議聯（APPU）日本國會議員訪問團時表示，美日安保對話將臺海納入“安�！狈秶�，是美日臺三方共同利益所在，臺灣與日本雖無正式“外交”關系，但雙方可透過建立準軍事同盟，進一步提升臺日實質關系。
14日：島內媒體報道，臺軍計劃在2010年前淘汰服役超過30年的美制F5E戰機，而據“國防部”人士指出，根據美方建議，臺已在2005年10月的“臺美空軍會議”上提出斥資600億元新臺幣購買44架F16C/DBlock52戰機。
15日：“空軍通信航管信息聯隊”舉行成立59周年隊慶活動。
16日：“憲兵司令部”在忠貞營區舉行74周年慶。
19日：“國防部”在“2006年春節媒體軍事記者聯誼餐會”前，特別舉行大陸軍力情資說明會，首度公布20幅大陸衛星偵照圖，說明大陸陸軍二炮部隊、空軍重要基地、海軍主要艦隊基地以及各大軍區所設置的“戰術訓練基地”，希望民眾支持“軍購案”。
20日：“立法院”三讀通過“陸�？哲姺茥l例”修正案，將過去未納入規定的憲兵、海軍陸戰隊制服一并納入規定，建立臺軍統一完整的三軍服制體系。
23日：“國安會副秘書長”柯承亨轉任“國防部副部長”，“國安局副局長”王進旺轉任“海巡署長”。
24日：臺軍自行研制、自行測試的第一套“Ｔ９１步槍射擊訓練輔助仿真系統”在陸軍步兵學校正式啟用。
臺空軍第四○一聯隊士官長李明儒一家4人，因債務問題在軍中宿舍打開煤氣自殺而被送往醫院急救。
25日：為強化基層心輔工作，防杜意外事件，“金防部心衛中心”舉辦心理衛生專題講座。
2月
2日：“全民國防教育法”正式施行，“國防部”訂定“推動全民國防教育杰出貢獻獎勵辦法”，并自“全民國防教育法”施行之日起施行。
3日：為配合即將于2006年2月起實施的“全民國防教育法”，臺“教育部”公布中、小學“全民國防教育”課程綱要草案，綱要核心內容包括“國防軍事”、“全民防衛”、“國防相關事務”三大主軸。
為便利臺軍使用高速公路戰備跑道作業順遂與安全，“國防部”修頒“臺軍使用高速公路戰備跑道作業程序”，以作為相關單位作業的依據。依據作業程序的規定，未來臺軍可使用的路段包括花壇、民雄、麻豆、仁德及佳冬等五段戰備跑道。
臺軍方證實，防衛部門反情報工作總隊少校副組長陳明陽與其情人張秀美，1日晚上在屏東市的租屋內燒炭自殺，陳明陽死亡，張秀美重度昏迷。
6日：“國防部”高層透露，“漢光22號”演習已規劃加入美軍“馳援”兩岸發生戰事的兵棋推演軍事想定。
歐復興中將接任政戰學校校長。歐復興，中將，政戰學校十六期、陸軍指參學院1983年班畢業，歷任臺陸軍第十軍團政戰主任、“金防部政戰主任”、“中科院政戰主任”等職。
7日：臺軍“軍事新聞網”報導，臺軍“專業志愿士兵暨儲備士官”今年將首度招收100名女兵。
蔣金城少將接任聯勤政戰主任。
同日：為讓民眾更了解臺軍戰備需求，“國防部”首度對外公開“聯合作戰演訓中心”計算機兵棋系統（JTLS）。
同日：“國防部”公開多項建軍規劃與戰備需求簡報。根據“國防部”整合評估室分析，預判大陸至2010年，將可部署戰術與戰略導彈逾1800枚。
8日：一架隸屬臺軍花蓮空軍基地401聯隊的F16戰斗機因燃油外泄迫降清泉崗基地。
同日：澎湖縣傳出因為臺軍士兵煮面不合上司口味而被關禁閉的事件。
10日：臺灣軍方宣布新一波人事調整，陸�？杖姡ǹ偅┧玖罴埃ǹ偅┱鹁珠L、高階政戰主管同時異動。朱凱生、陳邦治、劉貴立三位陸�？哲姟八玖睢闭{任“總統府”戰略顧問，新任陸�？哲姟八玖睢狈謩e由“政治作戰局局長”胡鎮埔上將、“副參謀總長”林鎮夷上將、“空軍副司令”沈國禎中將升任，沈國禎并晉升空軍二級上將。此外，新任“政戰局長”由“金防部司令”吳達澎中將升任，并晉升陸軍二級上將；“國防部參謀本部陸軍副參謀總長”職缺由“陸軍司令部副司令”趙世璋中將接任，并晉升陸軍二級上將……新人事自2月16日生效。
同日：“國防部”訂頒“國軍人員性騷擾處理實施規定”，延續過去既有的“國軍人員兩性營規管理規范暨懲處原則”，訂定出具體作法、懲處規定，防止“性騷擾”事件發生。
11日：美國在臺協會宣布，職業外交官楊蘇棣將于3月份出任其臺北辦事處新任處長，接替已經去職的包道格。
13日：國民黨主席馬英九在訪問歐盟時表示，若2008年國民黨執政，將與大陸協商兩岸和平協議的架構，進而與大陸建立軍事互信機制，形成兩岸共同市場，并討論臺灣爭取國際空間的問題。
14日： 李杰主持“國防大學”原任校長費鴻波上將、新任校長曾金陵上將交接暨授勛典禮。
15日：陳水扁在“總統府”親自主持“空軍司令部司令”沈國禎、“聯合后勤司令部司令”季麟連、“政治作戰局局長”吳達澎、“參謀本部陸軍副參謀總長”趙世璋、“參謀本部海軍副參謀總長”王立申等5位晉升二級上將的授階儀式。
20日：“參謀總長”李天羽一級上將代表“國防部長”李杰，頒贈二等云麾大綬勛章給薩爾瓦多參謀總長卡塞雷斯中將，表彰他對促進“中薩兩國”傳統軍誼的卓越貢獻。
同日：東森新聞報道，“漢光22號”演習計算機兵棋推演，是以北京2008年后舉兵攻臺為假設。同時，此次演習重點置于解放軍“占臺”而非往年的“攻臺”；整個戰場也遍及臺灣本島，非僅局限于臺海作戰。
21日：“國防部”公布臺軍2006年度部隊訓練流程規劃，稱今年將由各作戰區（防衛部）整合運用責任區內三軍部隊，采取“全面、全裝、實兵、實作”方式實施演練。
同日：“三項重大軍購案”及監察院人事同意權行使案等，在“立法院程序委員會”再次遭泛藍封殺。
22日：美國會軍隊、交通暨國土安全委員會眾議員羅伯席門斯前往臺北市政府拜會市長馬英九，交換兩岸、軍購等意見。
25日：“憲兵司令”沈世籍中將主持憲兵學校70周年慶。
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