為推動海峽兩岸直航進程，財政部和國家稅務總局近日出臺了《關于福建沿海與金門、馬祖、澎湖海上直航業務有關稅收政策的通知》，規定海峽兩岸船運公司從事福建沿海與金門、馬祖、澎湖海上直航業務在大陸取得的運輸收入將享受免征營業稅和企業所得稅的優惠政策。
通知規定，自２００７年５月１日起，對海峽兩岸船運公司從事福建沿海與金門、馬祖、澎湖海上直航業務在大陸取得的運輸收入，免征營業稅。享受營業稅免稅政策的納稅人應按照現行營業稅政策的有關規定，單獨核算其免稅業務收入；未單獨核算的，不得享受免征營業稅政策。
船運公司在２００７年５月１日之后已繳納的應予免征的營業稅，可以從以后應繳的營業稅稅款中抵減，年度內抵減不完的可予以退稅。
通知還規定，自２００７年５月１日起，對船運公司從事上述業務取得的所得，免征企業所得稅。享受企業所得稅免稅政策的納稅人應按照現行企業所得稅政策的有關規定，單獨核算從事上述業務在大陸取得的收入、成本；未單獨核算的，不得享受免征企業所得稅政策。
