兩岸貨幣清算機制有助于兩岸貨幣風險防范，打擊地下金融，并保障兩岸銀行貨幣回流，從而促進兩岸強健金融體制。
人民幣因為持續升值，在島內被普遍看好，即使前年開始由中國銀行香港子行向島內提供人民幣現鈔，可是受制于兩岸貨幣清算機制沒有建立，人民幣在島內供應仍遠不能滿足需求，由此產生了人民幣偽鈔及其地下黑市問題。
2008年6月，臺灣開放民眾一次最多可換2萬元人民幣，據臺“央行”資料，到2010年3月底，臺灣金融機構買入人民幣69億元，賣出92億元，反映出人民幣在臺供不應求狀況。
只要一個東西供不應求，就容易產生假貨問題，并成為“炒作”題材。人民幣在島內成搶手貨，自然也出現了偽鈔和黑市交易問題。
中國社科院臺灣研究所王建民研究員稱，兩岸貨幣清算機制本質上是解決兩岸貨幣的供求關系，比如人民幣在臺灣供應少了，人民幣在臺清算銀行可及時供貨；在臺供應多了，清算行可及時把多余貨源回流到大陸貨幣體系內。
