據臺媒報道，國民黨籍“立委”孫大千、賴士葆指出，陳水扁曾于2004年3月對島內媒體公開表示“我用人不疑、疑人不用，若陳哲男真的有問題，不必外界講我就會做出處理”，然后又于2005年12月接受專訪時坦承“我有聽到一些風聲說他（陳哲男）的資金有問題，所以沒有讓他當部長”；顯然陳水扁對陳哲男收賄行為知情且公然包庇。
           
　　賴士葆指出，國民黨籍“立委”李全教早在2004年就指證陳哲男涉入“水餃案”，但檢調仍然不敢辦，現在因為民怨沸騰，加上陳哲男離開陳水扁辦公室后，陳水扁才跟他劃清界線。

　　孫大千也質疑，包括“SOGO案”、“司法黃牛案”、“水餃案”等，若并案處理，則其中牽連的證據就相當明顯，但“為何全部做出分案偵查？”“為何檢調沒人敢進去‘總統府’搜證？”“為何陳哲男不是因貪污遭收押？”檢調難道打算要高高舉起輕輕放下、大事化小小事化無？要求臺當局“法務部”盡速進行并案偵查。

　　國民黨籍“立委”黃昭順也表示，整個案子從頭到尾都是陳水扁辦公室在下指導棋，而陳哲男只是陳水扁的代罪羔羊。同時，黃昭順還向臺當局“法務部”提出搜查陳水扁辦公室、將高捷弊案移轉至臺北地檢署偵辦、策動前東帝士集團負責人陳由豪返臺協助調查等三大要求。（云鵬）