當前，中國有著4000多萬事業單位從業者，覆蓋70%以上的科研人員、95%以上的教師和醫生。這一制度的改革，事涉“最廣泛的階層和行業”，事涉教育、醫療等相關領域改革，總能引來廣泛關注。
2009年9月的國務院常務會議上，就劃定了事業單位績效工資改革的“三步走”路線圖，其中第三步是：從2010年1月起，在所有事業單位實施。到現在，已經過去一年多，仍沒有全面鋪開，這樣的情況，也正說明這一改革的復雜性和艱巨性。
所有的改革，都是利益的重新分配。改革的阻力，來自既得利益的保守；改革的動力，則來自對未來利益的預期。而改革的過程，可說就是各方利益的博弈。事業單位的績效工資改革中，同樣如此。如何按照國家制定的有關政策，公正公平地處理利益的分配，打破“鐵飯碗”，克服長期以來缺少競爭、僵化、封閉的格局，真正達到改革的初衷，是當前事業單位績效工資改革面臨的挑戰，也是事業單位體制改革核心的問題。
事業單位制度是一種有“中國特色”的制度，在某種程度上，它源于“大政府、小社會”的歷史制度構建，是政府履行了社會的職能。在紀念建黨90周年慶祝大會的講話中，胡錦濤總書記強調，要不失時機地推進重要領域和關鍵環節改革。事業單位改革以及與之相關的社會領域改革，可說正在其中。而績效工資改革，可能只是艱難的第一步。
普通職工在改革的利益博弈中話語權較弱，處于相對的弱勢狀態。正因此，在這一改革中，尤其需要注重對職工權益的保障，只有保證他們的利益，才能使改革得以順利推進。
在這一改革的過程中，需要給職工以知情權、參與權、表達權和監督權。在事關職工切身利益的崗位評定、績效評估和福利保障等方面，都需要讓廣大職工看得見事、說得上話甚至插得上手。只有在公開透明、廣泛參與的原則之下，才能保證利益的均衡，也才能保證改革整體的公平公正。
在改革中，也需要引入外部的監督力量，確保改革方案和改革程序的合理。事業單位的原主管部門，需要加強指導。事業單位的工會等組織，同樣需要在改革的過程中認清自己的職能、發揮應有的作用，切實維護職工合法權益。同時，在方案制定與實施上，盡可能公開透明，讓社會公眾監督；在考核評定中，還可以適時引入專業第三方參與，增強績效工資的科學性與權威性。
