與“系制中心”遙遙相對的“防務醫學院預防醫學研究所”，則是臺軍生化防護作戰秘密基地。位在北橫支線入口、保一總隊大埔營區附近的“預醫所”，由和臺灣有軍事合作關系的以色列規劃，與“系制中心”約10分鐘車程，地方傳言兩機關有山洞互通，但未獲證實。

　　“預醫所”最為人津津樂道的，就是擁有全臺唯一、甚至獨步全球的P4級實驗室，若非當年SARS橫行，時任臺灣當局領導人的陳水扁下令“預醫所”研發疫苗，臺灣民眾還不知三峽山區竟有這等軍事重地。

　　報道稱，“預醫所”幾可與生化防護武器劃等號，入口特別設計一道土壘高墻，避免閑雜人一覽無遺，整個“預醫所”隱蔽在山里更增添神祕感。不僅民眾對“預醫所”感到神秘，三峽“系制中心”、“預醫所”及龍潭“中科院核研所”，也是衛星瞄準對象，堪稱全臺最神秘軍事重鎮。