據臺灣媒體報道，洪仲丘之死引發軍方禁閉處罰的爭議。據了解，馬辦人權咨詢委員會兩年前即發現禁閉法規有抵觸兩公約之虞，曾四次要求防務部門說明并改善，但皆未獲回應。
法務部門官員認為，洪仲丘禁閉案，欠缺應由部隊副主官主持人事評議會的法規程序，如果防務部門早日依人權委員會要求提出說明，并修訂合乎人權的關禁閉法律依據、程序和救濟管道，讓洪有權聲請提審等救濟，或許可以避免枉死的遺憾。
防務部門昨天沒有正面回答“未回應人權委員會”一事，軍事發言人羅紹和表示，臺軍士官兵禁閉及悔過懲罰是依據“陸�？哲姂土P法”辦理，而基于人權及安全考量，目前正研擬精進禁閉、悔過管理做法，以符合兩公約對人權保障要求，維護官兵合法權益。
2009年臺灣簽署“公民與政治權利國際公約”、“經濟社會文化權利國際公約”等兩公約成為臺灣法，馬辦并設人權咨詢委員會審查及推動臺灣相關法律的修訂，以符合兩公約標準。當時多名學者、律師發現，軍方關禁閉的程序恐違反兩公約。
人權咨詢委員會審查認為，關禁閉屬于拘束人身自由的刑事處罰，須有符合人權的法律程序和救濟管道為依據，因此在2011年6月4日、7月27日、12月17日和本月16日的審查會，要求防務部門說明決定關禁閉的過程和法律依據。
依2011年6月4日審查會會議紀錄，當時要求防務部門說明軍中“關禁閉”狀況，包括：受到此處分的人數、拘禁時間、死亡及健康受侵害的數據，以及當事人有沒有權利聲請提審（救濟管道）及相關程序如何運作？但防務部門始終沒有回應。
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