據臺灣媒體報道，“蔡小英勝選就特赦陳水扁？！”這個傳聞在這場選舉中，持續發燒，而藍營更以此大作文章，向支持者訴求“千萬不能讓蔡英文當選，否則貪腐的陳水扁就會被放出來”云云；對于是否特赦扁，民進黨主席蔡英文接受訪問時，依舊拒絕明確表態。
蔡英文在11月24日接受英國廣播公司(BBC)中文網專訪時，再度被問到她對陳水扁的看法。她表示，陳水扁對臺灣民主進程有貢獻，其執政終結了國民黨長期的一黨專政，陳水扁在執政時的一些政策也照顧了老年人、農民、勞工等群體。
另外，蔡英文也承認“陳水扁有一些個人的問題”，她說，民進黨對此的態度很明確，就是希望以司法來公正解決這些問題。
至于敏感的特赦阿扁議題，蔡英文在訪問中，拒絕明確表示如果在勝選上臺后是否會赦免陳水扁；她重申，會根據當時的民意訴求來決定是否對審訊陳水扁的過程進行司法覆核，如果發現在司法程序上的確發現不當之處的話，才會決定如何處理陳水扁。
今年4、5月間，國民黨籍“立委”邱毅指稱蔡英文在黨內初選時，曾經承諾假如當選，就會特赦陳水扁。邱毅直指，蔡英文為尋求阿扁嫡系子弟兵與扁迷支持，在今年4月初通過民進黨發言人鄭文燦赴桃園龜山監獄特見阿扁時，向扁表達蔡對特赦阿扁的正面態度，并達成“一旦當選就特赦阿扁”的秘密期約。對此問題，蔡英文當時以“應關注更重要的事”回避媒體詢問。
今年8月25日公布“十年政綱─司法改革篇”時，蔡英文再度被追問如果2012當選，是否特赦陳水扁？當時蔡英文則說，“這是政治議題，另外找時間再處理”。
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