首先，何美玥以“政委身份”上第一分極機密文，但她可是5天后才兼“國發基金”召集人，前任“國發基金”召集人胡勝正知不知道此案？或是從頭到尾都被蒙在鼓里？“國發基金”制度是否容許跳過召集人，由不具“國發基金”職權的政務官便宜行事？
何美玥第二分極機密公文只呈蔡英文決行，蔡英文簽了名、寫上日期，并未寫“代”。藍營質疑，根本是兩、三人密室惡搞，既想回避“經建會”、“國發基金”常任文官的公文簽發監督程序，又想避過“國發基金”審議。
對此，資深公務員也指出，首長授權才可能副首長代決，但也得加個“代”字才合理；何況當時蘇貞昌未告假、未離島，沒有由蔡代決的理由。
再看公文內容，就更凸顯公文跳過蘇貞昌的不合理：既已明指“本案合作條件超出預期太多”，非原先估算的第一階段5000萬美元能支應，并擬出“在研發階段可以不獲利”的規劃原則，如此重大變化，怎能不讓“行政院長”知悉？
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