島內媒體報道，李登輝不滿黃昆輝炒股虧空李連基金會，有意與臺聯黨劃清界線。但親近李人士透露，李登輝與臺聯黨的關系，早在二○○八年選后就已生變，四年來更持續惡化；去年七月以后，李登輝甚至從未出席任何一場臺聯黨公開活動。該人士指出，李登輝近年認為，自己不應過度沾染政黨色彩，以維持高度，再加上對臺聯黨表現非常失望，才決心放手讓臺聯黨“走自己的路”。
據中國時報報道，去年七月的募款餐會，是李登輝最后一次在臺聯黨的公開活動中現身。熟悉內情人士透露，若不是要將蔡英文介紹給支持者，李登輝根本不愿出席這場餐會，“李站的其實是蔡英文的臺”。去年選前也適逢臺聯黨十周年黨慶，臺聯黨事前對外宣布，大病初癒的李登輝將出席黨慶，但活動當天李登輝并未現身，黃昆輝代為宣讀李登輝賀詞，黃昆輝當時表示，李登輝是因身體狀況不佳，臨時無法出席。但親李人士卻表示，李登輝事前從未答應出席活動，也不知賀詞從何而來。
臺聯黨人士指出，二○○七年臺聯黨逐漸走下坡時，李找來黃接任臺聯黨主席，原對他寄予厚望。然而，二○○八年“立委”選舉，黃昆輝多次對李登輝保證選情樂觀，事后卻以慘敗收場，已讓李登輝頗有微詞。前年“五都”選舉，黃昆輝不顧李登輝意愿，多次要求李放下身段為議員候選人站臺，最后卻仍全軍覆沒，更讓李登輝大為光火。
導致兩人決裂的導火線是在“五都”敗選后，黃昆輝主動求見李登輝表達辭意，李登輝也積極替臺聯黨物色繼任黨主席人選。沒想到人都找到了，黃昆輝卻又說不辭了，讓李登輝自認被擺了一道，更不愿光環繼續被臺聯黨消耗，再也不愿過問黨務。
知情人士也透露，黃昆輝不但與李登輝疏遠，就連他一手安排的臺聯黨“立委”，也經常與他發生摩擦。據了解，一位民進黨“立委”為經營基層，有意與臺聯黨“立委”在云林成立聯合服務處，此舉卻引發與黃昆輝友好的藍軍派系勢力不滿，計劃因此中斷，此顯示黃昆輝以自己人脈網絡介入臺聯黨運作。
親李人士透露，由于李黃關系破裂，臺聯黨內部也分裂為李、黃兩派，紛擾不斷。
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