陳水扁在雜志專欄中表示，2004年民進黨政府連任之后，時任“陸委會主委”的蔡英文對他說，若游院長續任“閣揆”，就不再任“閣員”；另外，陳水扁也說，蘇貞昌在“閣揆”任內，也不只一次要求撤換擔任“副閣揆”的蔡英文。蔡英文隨后發布新聞稿表示，她與游錫堃工作及私誼都相處愉快；在“行政副院長”任內也堅守工作份際，不知陳水扁為何有此說法。
陳水扁在文章中透露，2004年臺灣地區領導人選舉前，當時已擔任“陸委會主委”4年的蔡英文，在玉山官邸跟他表示，如果520后繼續讓游錫堃組閣，她將不會在游“內閣”中擔任“閣員”。陳水扁又說，2006年1月蘇貞昌組閣時，蔡英文同意轉任“行政副院長”。但蘇貞昌在任內，不只一次要求撤換“副閣揆”，所以“后來政壇流傳蘇蔡不合的八卦，事出有因”。
據今日新聞網報道，蔡英文對此指出，自己一向與游院長工作及私誼都相處愉快，至于2004年選擇不續任“閣員”，與游院長個人完全無關，“陳水扁的理解跟記憶，與實際的情況有落差”。
至于陳水扁提及，蘇前院長在“行政院長”任內，不只一次要求撤換“副閣揆”。蔡英文表示，在“行政副院長”任內，一向堅守工作分際、全力以赴，善盡職守處理份內職務，“無從理解為何會有這樣的說法”。
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