臺“特偵組”對林益世訊問12小時后，2日清晨依涉貪污罪嫌重大，有串證、滅證之虞，向臺北地院申請羈押禁見。林益世也透過律師事務所發表道歉聲明，承認在“立委”及“行政院”秘書長任內，嚴重失職，涉嫌貪瀆，對社會作出了極為負面的示范，將誠心反省，承認錯誤，向社會大眾致上最深歉意。
馬英九隨后親上火線對社會道歉，“我個人感到非常遺憾抱歉，因為清廉是公務員基本素養和核心價值，如果違反原則犯罪了，就要接受法律制裁，沒有灰色地帶，也沒有閃避空間�！彼Ｍ麄�團隊要記取教訓，務必要把公務員的倫理及清廉建立起來。
今年44歲的林益世出身高雄政治世家，身兼地方派系、年輕以及出身“行政院”3條件，是馬團隊用人重視年輕人，不講派系的明證。也因此，林益世出任國民黨青年團長、升任國民黨副主席，“立委”落選還出任“行政院”秘書長，一路高升，幾乎是馬英九用人的“樣板人物”。
臺灣《中國時報》的評論認為，林益世案的最大影響，是讓馬英九引以為傲的清廉形象破功。評論說，馬英九雖飽受施政無能、政策反復等抨擊，但在第一屆任期中，并沒有高層官員涉入貪瀆風暴，成為馬英九最受肯定之處。沒想到，讓“馬英九防線”破功者，正是受馬英九重用的林益世。評論說，清廉這道防線一旦破功，想要修復真是談何容易。馬英九若無法以最高標準展現反省能力，今后恐怕難以重建“馬英九防線”的公信力。
林益世案還將對國民黨培養南部人才的計劃造成沖擊，未來國民黨在南部選“五都市長”、“立委”等都將更為困難。國民黨“立委”丁守中直言，林益世辜負馬英九的提攜，也顯示馬英九決策范圍太小，識人不明。（特約記者 閔喆）
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