農業部2008年9月3日上午與福建省簽署雙方共同推進海峽西岸現代農業建設的合作協議。農業部在協議中表示，將支持海峽兩岸（福建）農業合作試驗區建設，進一步促進海峽兩岸農業交流與合作。
協議稱，農業部將支持海峽兩岸（福建）農業合作試驗區建設，重點加強對臺農業資金、技術、良種、設備等生產要素的引進與合作，進一步促進海峽兩岸農業交流與合作；將《海峽兩岸（福建）農業合作試驗區發展規劃》的重點合作項目納入海峽兩岸農業交流與合作總體規劃，指導福建省臺灣農民創業園建設，支持福建借鑒臺灣農業管理經驗，發展農民專業合作經濟組織；支持福建與臺灣開展農業技術合作、農業技術咨詢與培訓。
農業部與福建省還就農業基礎設施建設、農業優勢產業和特色產品、外向型農業發展、現代農業的政策和機制保障等方面達成一系列合作意見。
農業是閩臺合作的重點和特色。1997年7月，福州、漳州獲準設立海峽兩岸農業合作試驗區；2005年7月，經國務院同意，設立“海峽兩岸（福建）農業合作試驗區”，閩臺農業合作試驗區擴大到全省。
截至目前，福建省已累計批辦臺資農業項目2000多個，合同利用臺資超過25億美元，在大陸各省區市中位居第一。
