根據這份協議，雙方將聯合開展涉臺檢驗檢疫制度與技術支撐體系發展戰略研究，以推進兩岸檢驗檢疫相關機構的交流與合作。
國際檢驗檢疫標準與技術法規研究中心是國家質檢總局從事檢驗檢疫法律法規和技術性貿易措施研究的專業機構，這次與廈門出入境檢驗檢疫局合作，旨在進一步深化涉臺檢驗檢疫制度研究，拓展兩岸檢驗檢疫機構交流渠道，搭建兩岸檢驗檢疫機構合作平臺。
由于歷史和政治等原因，兩岸檢驗檢疫機構之間缺乏必要的交流與磋商機制，地處兩岸交流交往前沿平臺的廈門檢驗檢疫局，積極開展涉臺檢驗檢疫政策研究，先行先試，發揮了獨特的作用。
2008年“陳江會談”簽署空運直航、海運直航、郵政合作和食品安全等四項協議后，廈門根據多年積累的對臺檢驗檢疫工作經驗，率先制定了《海峽兩岸直航檢驗檢疫特別管理辦法（試行）》。
廈門建設“落實惠臺檢驗檢疫政策示范區”，出臺了首個兩岸直航檢驗檢疫特別管理辦法，成立了大陸首個涉臺檢驗檢疫研究中心，最先開放對臺灣原產地證簽發業務，最先開放臺灣同胞報考大陸報檢員等。
