《共同意見》建議，在南海合作的領域上，當前可在學術研究、人員互訪、科學考察、海洋環境保護、油氣資源開發、海上污染處理、海上搜救、漁業資源養護、急難救助、航道安全維護等方面進行務實合作。
《共同意見》表示，將發揮“海峽兩岸南海問題學術研討會”的交流平臺作用，不斷為兩岸南海合作的發展做出貢獻。在南海非傳統安全方面，將邀請兩岸有關部門人士參加討論，結合兩岸有關部門實際情況，提出具有現實可操作性的建議。
吳士存在接受新華社記者專訪時說，海峽兩岸雖然在政治上還有一些分歧，但對南海是中華民族的共同利益所在這一認識是相同的。兩岸南海合作可以從實質性的、低敏感的領域先做起來，一步步向其他領域拓展。本次研討會上，兩岸學者討論了許多兩岸在南海開展合作的問題和方向，如海洋資源的聯合調查、漁民救助機制的建立、環境保護等，兩岸在這些領域的合作具有廣闊的前景。
臺灣代表團團長、臺灣政治大學教授劉復國認為，越南、菲律賓等南海周邊國家在“九段線”內捕魚、引入國際公司共同進行石油勘探開發侵犯中國的主權，并增加在南海的軍事部署，特別是加強和美國的軍事合作，這些危機是需要兩岸共同面對的，兩岸合作是必然的發展趨勢。
他介紹說，兩岸南海合作在企業層面已有基礎，多年來兩岸的石油公司在臺灣的外海及東沙島西北的潮汕盆地進行了油氣資源勘探合作。目前在兩岸政治氛圍還不成熟的情況下，兩岸企業界在南海的先行合作是可行的，也符合當前兩岸關系發展先經濟后政治的策略，兩岸在南海共同開發觀光旅游、油氣資源等商業活動，合作困難度不大。
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