2006年7月19日至8月11日 ，首次兩岸貨運包機。

　　包機方式：航線與此前兩岸春節客運包機的航線一致。全貨機從臺灣桃園機場起飛，不經第三地中轉便抵達上海浦東國際機場，但仍需繞道飛經香港航管區上空。

　　搭乘對象：主要是臺積電上海松江廠所需的八寸晶圓生產線的相關設備。

　　航班/班次：共5個航班

　　兩岸航點：上海與臺北

　　2006年9月29日至10月8日，首次兩岸中秋包機。

　　包機方式： 兩岸各6家航空公司共同參與，其它事項均比照2006年兩岸春節包機做法辦理。

　　搭乘對象：所有持合法、有效證件往來兩岸的臺灣居民及其臺商眷屬。

　　航班/班次： 12個往返班次，雙方共計24班。

　　兩岸航點：北京、上海、廈門、廣州與臺北、高雄