據臺灣《中國時報》報道，余連發除涉嫌“炒股案”，還涉及是否據實申報財產等事宜，其在臺當局“軍情局長”任內有關“印刷廠賣地轉民營案”，及憲兵司令任內的情報經費運用，均在調查中。

　　關于“炒股案”，余連發聲稱系其妻子個人行為，他并不知情；不過，臺軍方認為，余連發能一下拿出七、八百萬元，買下特定的鋼鐵股票，這樣的財力，非軍人能力所及，且余連發在財產申報中，亦未據實申報。

　　報道說，余連發涉炒股事件以及發生財產申報問題后，陳水扁相當震驚，并對臺軍方高層表示“我還能信任誰？”對其一手提拔照顧的將領，發生如此爭議之事，無奈和失望之情，溢于言表。

　　據報道，余連發曾向臺當局防務主管部門負責人李杰表示，他懷疑該案是臺軍方內部有人整他；由于余連發為陳水扁一手所提拔，李杰不好說什么，亦未多做表示。（郭強）